Проект подготовлен в связи с решением Иркутской области участвовать в федеральном конкурсе на создание особой экономической зоны (ОЭЗ) туристско-рекреационного типа. Руководство института считает, что одной из основных задач создаваемой рекреационной зоны должно стать развитие Байкальского международного магистерского университета. Это позволит соблюсти баланс между туристическим освоением озера и изучением Байкала как уникального экологического объекта. Создание университета позволит повысить туристический потенциал ОЭЗ, считают учёные.

В Байкальском университете планируется создать целевую систему подготовки, которая будет иметь междисциплинарный фундаментальный экологический характер. По мнению учёных, уникальная экологическая система озера может быть использована в качестве модели природной учебной лаборатории. Университет сможет выпускать специалистов в области гидрофизики, гидрохимии, водной микробиологии, геологии, геотектоники, биологии, физиологии и фито- и зоо-планктона, рыб, байкальской нерпы. Руководство ЛИ СО РАН полагает, что выпускники университета будут востребованы на предприятиях энергетической, химической промышленности, при проведении экологического мониторинга различных экосистем, государственных экологических экспертиз. Студентам будут читаться курсы по геологии рифтовых зон, геотектонике, геофизике, сейсмологии, гидродинамике и гидрофизике, гидробиологии и молекулярной биологии, вирусологии.

Предполагается, что в Байкальском университете будут преподаваться юридическое и патентное право, что крайне востребовано в РФ, так как российских специалистов по патентному праву сейчас крайне мало, тогда как грамотная защита прав интеллектуальной собственности более чем востребована. Преподавание в университете будет вестись на английском языке.

На базе научно-исследовательского флота Лимнологического института можно будет вести подготовку не только молодых специалистов-лимнологов, но и океанологов, считают учёные. В перспективе в Листвянку могут быть доставлены глубоководные обитаемые аппараты для создания школы пилотов и развития элитного подводного туризма.