В 2013 году для регулирования уровня воды озера Байкал сложились благоприятные условия по полезному притоку. Показатели уровня воды находились в пределах среднемноголетнего значения. Так, по состоянию на  1 января 2013 года средний уровень воды озера Байкал составил 456,46 м (ТО), что на 0,07 м выше, чем в предыдущем году, и на 0,03 м выше среднемноголетнего значения. В период наполнения озера показатели уровня воды находились в пределах среднемноголетних величин в результате регулирования сбросных расходов. Таким образом, в 2013 году не было нарушений уровней Байкала, определённых Постановлением Правительства РФ «О предельных значениях уровня воды озера Байкал при осуществлении хозяйственной и иной деятельности».

Поверхностный слой и водная толща в 2013 году наблюдались Байкальским ЦГМС Росгидромета. По данным ведомства, уменьшение по сравнению с 2012 годом на 46% объёмов сброса сточных вод БЦБК способствовало улучшению качества воды Байкала в районе контрольного створа, расположенного в 100 м от глубинного рассеивающего выпуска сточных вод БЦБК. Между тем, по данным ОАО «Иркутскгеофизика», участвовавшего в подготовке доклада, на промплощадке уже не работающего БЦБК в 2013 году содержание некоторых компонентов в пробах превышало ПДК со следующими значениями: по 2 классу опасности – формальдегид и кремний до 9–15 ПДК, по 3-4 классам – фосфаты до 3,8 ПДК, нефтепродукты до 10 ПДК, алюминий до 18 ПДК, железо до 24 ПДК, сероводород до 28 ПДК. В 2013 году также наблюдался рост содержания ингредиентов загрязнения подземных вод, дренирующих в Байкал. 

«По наблюдениям за состоянием подземных вод на промплощадке Байкальского ЦБК в 2013 году можно сделать вывод о сохранении напряжённой экологической ситуации. Для ликвидации очага загрязнения в прибрежной зоне необходимо сооружение следующей очереди перехватывающего водозабора – ближе к озеру Байкал», – говорится в заключении к госдокладу.

Тем временем антропогенная нагрузка на Байкал в районе портов в южной части озера (Култук, Выдрино, Большое Голоустное) увеличилась по сравнению с 2012 годом по некоторым ингредиентам на 50–80%. В районе влияния трассы БАМ она, наоборот, уменьшилась.

В районе выпуска сточных вод БЦБК наблюдается также загрязнение донных отложений. Общая его площадь на глубинах до 350 м  составила 6,2 кв. км, тогда как в 2012 году – 5,5 кв. км, в 2011-м – 5,4 кв. км, в 2010-м – 4,3 кв. км, в 2008-м – 5,2 кв. км. В целом же гидрохимический и геохимический контроль грунтовой воды и донных отложений, выполненный в 2013 году, при сравнении с предыдущими наблюдениями показывает улучшение по многим приоритетным показателям, говорится в докладе.

Поступление загрязняющих веществ в озеро от пяти наиболее изученных рек (Селенга, Баргузин, Турка, Верхняя Ангара, Тыя) возросло по взвешенным веществам на 24%, по сумме растворенных минеральных веществ – на 12%, по нефтепродуктам – на 31%. Значительно снизилось поступление в озеро летучих фенолов (на 55%), СПАВ (на 80%) и меди (на 36%).

В итоге из-за антропогенной нагрузки сохраняется угнетение развития зоопланктона в зоне загрязнений.

В 2013 году общая численность производителей байкальского омуля, зашедших в нерестовые реки, составила 2 млн, что более чем в два раза ниже среднемноголетнего (4,2 млн) уровня. В реке Верхняя Ангара была зафиксирована самая низкая за последние 30 лет численность нерестового омуля – 1 млн. Основной причиной резкого сокращения нерестового стада омуля является общее снижение запасов данной морфогруппы, а также незаконный вылов в летний период. Снижается и общая биомасса омуля: с 20,5–26,4 тыс. тонн в 1982 – 2005 до 16,6–21,4 тыс. тонн в 2006–2013 годах. Состояние запасов остальных промысловых рыб остаётся достаточно стабильным. Но, несмотря на многолетний запрет и проводимые мероприятия по искусственному воспроизводству, не наблюдается заметного увеличения запасов осетра. Основная причина – опять же браконьерский вылов. 

Общая численность популяции байкальской нерпы в 2013 году по сравнению с 2012 годом увеличилась на 10,8 тыс. и составила 108,2 тыс. голов. Величина возможного годового допустимого изъятия нерпы составляет 5-6 тыс. тюленей. Между тем на 2012–2014 годы улов был утверждён в объёме 2,5 тыс. 

Количество зарегистрированных нарушений на ООПТ, расположенных на Байкальской природной территории, по сравнению с 2012 годом увеличилось на 29% и составило 1110. На территории заповедников количество нарушений уменьшилось на 32%, спад произошёл в Баргузинском, Байкальском и Сохондинском заповедниках. В Байкало-Ленском заповеднике, расположенном в Иркутской области, количество нарушений, наоборот, увеличилось на 33%. Растёт оно и в нацпарках – на 46% по сравнению с 2012 годом. Наибольшее увеличение произошло в Забайкальском национальном парке – в два раза. Только на территории Прибайкальского национального парка нарушений стало меньше на 5%. Основным видом нарушения природоохранного режима являются незаконные нахождение, проход и проезд граждан и транспорта.