Проект рыбоохранных мероприятий рассчитан для эксплуатации Богучанской ГЭС на промежуточной отметке водохранилища на уровне 185 м и на проектной отметке 208 м. После реализации всех предусмотренных проектом мер запланирован обязательный мониторинг  состояния рыбных запасов в Богучанском водохранилище в течение трёх лет.

Проект носит инновационный характер в области гидроэнергетики и представляет собой единый, циклически замкнутый комплекс превентивных и защитных мер по сохранению водных биологических ресурсов в Богучанском водохранилище. Рыбоохранные мероприятия включают в себя два направления: перевод  производителей ценных полупроходных и мигрирующих видов рыб на нерест из нижнего в верхний бьеф для поддержания их генофонда в создаваемом водохранилище, а также превентивные меры по обеспечению их безопасности.

Мероприятия  по обеспечению миграции (перевод рыбы из нижнего в верхний бьеф гидроузла) основаны на широко применяемом в рыбоводной практике методе получения производителей в естественных условиях и включают следующие операции: отлов рыбы в нижнем бьефе Богучанской ГЭС, транспортировку её специальным живорыбным автотранспортом в верхний бьеф к месту выпуска и выпуск в водохранилище и его притоки на специально оборудованных участках.

В качестве превентивной меры планируется использование эколандшафтной коррекции путём установки системы пространственных конструкций, имитирующих рифы и предназначенных для предупреждения подхода рыб к источнику опасности (водозабору ГЭС). В устьях притоков водохранилища будут созданы искусственные рифы-оазисы (как на дне водоёма на мелководьях, так и в толще воды), так называемые «города для рыб», способствующие их «удержанию» в данной акватории. Апробация рифовых городов проводится на опытном полигоне в Вазузском водохранилище. Получены положительные результаты влияния рифов на характер нагула и миграций рыб по водохранилищу.

В качестве защитной меры  будет проведена  коррекция скорости и направления течения, позволяющая с помощью водяных струй перенаправлять поверхностный рыбообитаемый слой водозаборного течения и перемещать в нём гидробионты (ихтиофауна и  организмы, постоянно обитающие в водной среде) от водозаборных сооружений в безопасное место у каменно-набросной плотины. 

Водяные струи широко применяются для обеспечения безопасности рыб на водозаборах различного назначения. Проведённые исследования на водозаборе производственного объединения «Электрохимический завод» на реке Кан (правый приток Енисея, Красноярский край) показали эффективность водоструйного рыбозащитного устройства на уровне 84,3 – 94,7 %.

На участке примыкания каменно-набросной плотины к правому берегу реки Ангары будет находиться дополнительный рыбообитаемый рифовый комплекс, который обеспечит рыбам благоприятные условия для нагула, зимовки и нереста, а также возможность производителям самостоятельно уйти в верховья водохранилища.