Местность за рекой Ушаковкой начала застраиваться в конце 17 – начале 18 века. В 1803 году здесь при тюремном замке была построена Борисо-Глебская церковь. Но вскоре она стала тесной для быстро растущей ремесленной слободы. 

Средства на строительство новой церкви, стоящей отдельно от тюрьмы, пожертвовал золотопромышленник, почётный гражданин Иркутска Александр Сибиряков. Он был старшим сыном в знаменитой семье иркутских купцов. Средний брат, Ксенофонт, стал скульптором. А самый младший, Иннокентий, пожертвовал унаследованные капиталы рабочим Витимских золотых приисков, часть средств отдал на организацию экспедиций в Монголию и по Сибири, на научные исследования и постройку храмов. После этого он принял монашеский постриг и остаток дней своих провёл в одном из монастырей на Афоне. Кстати, афонские монахи почитают его как святого, и можно помечтать о том, что когда-нибудь и Русская церковь прославит его в лике святых. Впрочем, жизнь братьев Сибиряковых и сегодня может и должна служить нам примером. 

Незаурядной личностью был старший брат, Александр. Он сочетал в себе предпринимательскую хватку с огромным интересом к знаниям и желанием способствовать просвещению земляков. Александр Сибиряков пожертвовал более 100 тысяч рублей на организацию первого в Сибири Томского университета. В Иркутске на его средства была открыта школа для девочек. На его деньги отправлялись экспедиции к устьям рек Оби, Енисея, Лены с целью изучения путей сообщения из Сибири в Европу по морям Ледовитого океана. Иногда он и сам принимал в них участие. Окончивший Иркутскую гимназию, Александр Сибиряков отличался просвещённостью и был автором многочисленных научных трудов.

В начале 1880-х годов Александр Сибиряков пожертвовал средства на строительство церкви в Рабочей слободе на месте бывших хлебозапасных магазинов. Летописи сообщают, что 27 июля 1885 года архиепископ Вениамин в сослужении четырёх епископов и двух викариев освятил закладку новой церкви во имя Казанской иконы Божьей Матери в присутствии генерал-губернатора Восточной Сибири графа Игнатьева и чиновников. 

На постройку храма в первый же год было собрано самим Сибиряковым 1500 рублей, почётным гражданином Дмитрием Демидовым по книге наличными деньгами – 15 256 рублей и билетами – 3000, другой почётный гражданин, Александр Трапезников, пожертвовал 3000 рублей. 

К лету 1891 года на постройку было израсходовано 28 300 рублей, а в начале следующего года строительство завершилось. В храме было три придела. Епископ Селенгинский Макарий и епископ Киренский Агафангел совершили чин освящения главного придела во имя Казанской иконы Божьей Матери. Правый придел был освящён в честь святителя Николая Мирликийского Чудотворца, левый боковой придел – во имя Иннокентия, первого епископа Иркутского, и великомученика и целителя Пантелеймона.

Иконостасы выполнял местный цеховой Коротаев. Внутренний купол на тему «Евангелисты» расписал Максим Зязин – выпускник Санкт-Петербургской академии художеств, который с 1881 года преподавал в Иркутской семинарии, а также служил учителем рисования в техническом училище и ремесленной школе Трапезникова. Зязину удавались жанровые картины и портреты, которые пользовались успехом на городских выставках. Максим Зязин расписывал в Иркутске не только купол Казанской церкви. Он занимался росписью главного собора Вознесенского мужского монастыря на темы «Евангелисты» и «Чудеса святителя Иннокентия», кроме того, писал образа для других церквей Иркутска. 

Новая церковь, построенная в модном тогда римско-византийском стиле, отличалась от существующих церквей монументальностью и обильным декором в оформлении фасада. 

После освящения Богородице-Казанской церкви в неё был определён причт Борисо-Глебской церкви: священник Фёдор Холмовский и псаломщик Александр Благообразов, рукоположенный в диакона в мае 1892 года. Перешёл в новую церковь и староста Иван Яковлев, происходивший из мещан и имевший грамоту Священного Синода.

К началу века церковная территория площадью 839 квадратных сажен, ограниченная Знаменской и Гончарной улицами, была обнесена каменною оградою с железными решётками, в которых устроены ворота. По той же улице Знаменской (ныне – Баррикад) церковь владела участком земли в 3414 квадратных сажен, разбитым на мелкие участки, сдававшиеся в аренду частным лицам. Получаемые средства (около 500 руб.), как и проценты с пожертвованных капиталов, хранившихся в Государственном банке, использовались на содержание церкви, постройку и ремонт причтовых помещений.

К 1914 году за приходом Казанской церкви записано 432 двора, в которых числилось 1618 душ мужского и 1811 женского пола. Кроме мещан и цеховых, в приходе проживало много квартирантов-крестьян из сёл, близлежащих к Иркутску. К приходу были приписаны офицеры и нижние чины 1-й батареи 7-й Сибирской стрелковой артиллерийской бригады. 

Но вскоре пришли иные времена. Богородице-Казанская церковь была закрыта постановлением ВЦИК от 20 июня 1936 года. За долгие годы воинствующего атеизма в ней не раз менялись хозяева. Кого здесь только не было: склад «Облкниготорга», курсы киномехаников, завод «Сибирский сувенир». Гости хотя и не предпринимали активных попыток сохранить церковь, но само их присутствие способствовало тому, что здание не было разрушено до конца.

Наступление оттепели было ознаменовано решением Иркутского обл-исполкома от 4 февраля 1975 года, которым церковь во имя иконы Казанской Божьей Матери была признана памятником местного значения. Во второй половине 1980 – начале 1990-х годов по инициативе Иркутского отделения ВООПИК были проведены акции по сбору средств на реставрацию церкви: продажа лотерейных билетов, субботники. Коллектив ликёроводочного завода «Кедр» перечислил 1 млн. рублей на реставрацию церкви. Чтобы привлечь внимание иркутян к проблемам церкви и в честь её 100-летия, заместитель председателя Иркутского отделения ВООПИК Николай Салацкий осмелился впервые после закрытия церквей в Иркутске организовать крестный ход. 

Богородице-Казанская церковь находилась на балансе общества до 1994 года. Первой среди всех храмов города она была возвращена Иркутской епархии, которая провела огромную работу по воссозданию её былой красоты. В 2011 году здесь был установлен иконостас, выполненный в Китае. На весь город славятся церковные колокола, особенно пятитонник, самый тяжёлый и громкий колокол Иркутска. В храме работает большая воскресная школа, и он полон народу, как встарь.