Заполнение котлована будет осуществлено в три этапа: промежуточное – до отметок 127  и 133 метра, на завершающем этапе – до уровня нижнего бьефа (138–141 метр). На первом этапе котлован через перемычку и дренажи был заполнен до отметки 127 метров, после чего началась проверка состояния резиновых уплотнений затворов отсасывающих труб и систем отвода дренажа из основных сооружений. Уровень воды будут поддерживать плавающие насосные станции на понтонах, установленные вблизи монтажной площадки и правобережного устоя водосброса №2. 

Заполнение котлована до отметки 133 метра начнётся после частичной разборки перемычки котлована. Выполнение этих работ позволит строителям провести испытания противопожарного водопровода, ввести его в эксплуатацию и выполнить работы по разборке низовой перемычки механизированным способом, а также приступить к технологической сборке и подготовке к эксплуатации трансформаторов в помещении трансформаторно-масляного хозяйства. 

После заполнения котлована до уровня реки в нижнем бьефе завершится формирование нового участка русла реки. В будущем весь объём воды, проходящий через бетонную плотину, будет поступать в гидроагрегаты станции, совершать полезную работу по выработке электрической энергии и по новому руслу через отводящий канал в бывшем котловане нижнего бьефа вернётся в основное русло реки.  

Котлован был сформирован в самом начале строительства станции: часть реки, расположенная ниже по течению от строящейся плотины, была отделена от основного русла земляными перемычками. После того как с этого участка откачали воду, здесь проводились работы по строительству фундамента станции, а затем и основных сооружений – бетонной плотины и здания ГЭС. Ликвидация земельных перемычек и заполнение строительного котлована означают, что все работы в подземной части сооружений ГЭС завершены. В соответствии со стандартом ОАО «РусГидро» перед приёмкой в эксплуатацию гидротехнические сооружения должны быть проверены путём постановки под напор – заполнение котлована позволяет сделать это до пуска станции. Программа испытаний гидротехнических сооружений была разработана проектной организацией ОАО «Институт Гидро-проект», согласована с техническим руководством ГЭС и утверждена заказчиком строительства. 

Перед началом заполнения котлована полностью выполнены все необходимые строительные работы: укладка до проектных отметок бетона в конструкцию водобойного колодца водосброса №2 и заделка бетоном ковша отводящего канала здания ГЭС. Полностью уложен бетон в примыка-ющие к котловану конструкции бетонной плотины и водосброса №2, мостовой переход нижнего бьефа здания ГЭС и левобережную подпорную стенку здания ГЭС. Также проведены все необходимые организационно-технические мероприятия, осуществлены ревизия и восстановление контрольно-измерительной аппаратуры, монтаж системы дренажа здания ГЭС по временной схеме. В котловане закончены все работы, разобраны временные постройки, из зоны затопления выведено строительное оборудование, в ложе котлована убран промышленный мусор. 

Поэтапный пуск 9 гидроагрегатов Богучанской ГЭС с выходом станции на полную мощность в 2013 году является основой государственного инвестиционного проекта «Комплексное развитие Нижнего Приангарья», которым предусмотрено дальнейшее освоение природно-ресурсного потенциала территории, обеспечение энергетической безопасности ОЭС Сибири благодаря привлечению частных инвестиций. Из средств федерального бюджета и бюджета Красноярского края финансируются работы по созданию объектов социальной, транспортной, энергетической инфраструктуры территории. Срок реализации государственно-частного проекта «Комплексное развитие Нижнего Приангарья» определён с 2006 по 2015-й год.