В ходе внеплановой проверки деятельности БЦБК Росприроднадзор выявил, что средние концентрации загрязняющих веществ в сточных водах комбината (фенолы, скипидар, нефтепродукты, формальдегид, метанол) значительно превысили допустимую концентрацию. «В стоках Байкальского ЦБК и в самом озере Байкал у места сброса наблюдается превышение допустимых концентраций по взвешенным веществам, летучим фенолам, сульфатам», – процитировала пресс-служба ведомства главу департамента по СФО Виктора Мочалова. Причём часть этих веществ комбинат даже не определяет в своих лабораториях (из 27 нормируемых ингредиентов на сбросе в озеро БЦБК не контролирует восемь). «Но поскольку объём стоков на сбросе значительно ниже разрешённого, объём сбрасываемых загрязняющих веществ остаётся в допустимых пределах», – добавил Мочалов. По его словам, ведомство будет продолжать вести мониторинг влияния предприятия на окружающую среду согласно установленному графику – с момента возобновления деятельности до выхода на проектную мощность. Следующая плановая комплексная проверка назначена на апрель 2011 года. 

Заключение Росприроднадзора не отражает в полной мере экологическую ситуацию вокруг БЦБК, уверены эксперты. По данным директора Лимнологического института СО РАН Михаила Грачёва, комбинат сбрасывает в Байкал особо опасные для экосистемы озера вещества – хлорированные гваяколы. Учёные обнаружили это в ходе собственной проверки. «Ни одна инстанция под разными предлогами не давала разрешения взять сточную воду БЦБК. Тогда мы были вынуждены дать водолазам шприцы и отправить на глубину 33 метров. Самостоятельно отобрали пробы стоков, исследовали и выявили  хлорированные гваяколы», – рассказал академик. По его словам, эти вещества  комбинату запрещает сбрасывать в Байкал всё то же знаменитое постановление правительства РФ, которое и разрешило предприятию разомкнуть цикл. «Документ был изменён частично. В его продолжении чётко прописано, что в Байкал запрещено сбрасывать вещества, на  которые не установлены предельно допустимые концентрации. Само по себе требование довольно глупое, ведь веществ тысячи. Но таково требование закона, и БЦБК его нарушает, – пояснил Грачёв. – К тому же само вещество – хлорированные гваяколы – в марте этого года Минприроды РФ отдельным законом признало особо опасным для экосистемы Байкала».  С результатами исследования специалисты института обратились во все профильные ведомства и министерства, однако до сих пор не получили ответа. «Теперь мы теряемся в догадках: отреагируют ли в итоге надзорные органы. В противном случае мы будем вынуждены идти в прокуратуру», – резюмировал академик.