Проверку инициировали представители Республики Бурятия, полагающие, что вина в катастрофическом маловодье 2014 года лежит на ОАО «Иркутскэнерго», являющемся оператором первой ступени Ангарского каскада. В декабре представитель региона в Совете Федерации Арнольд Тулохонов направил в адрес генерального прокурора РФ Юрия Чайки обращение, касающееся ситуации с Байкалом. В нём сенатор высказал опасение, что снижение уровня воды ниже 456 м в Тихоокеанской системе высот (ТО, минимальной отметки, которую российское правительство установило в 2001 году. – «СЭ») «будет иметь катастрофические последствия для экосистемы озера». Помимо этого он предлагал ограничить сбросные расходы Иркутской ГЭС в январе 2015 года 1100 кубометрами в секунду, несмотря на то что эксплуатация водозаборов в нижнем бьефе станции возможна при ежесекундных попусках не менее 1250–1300 кубов. Генеральная прокуратура переправила письмо в нижестоящие инстанции для проведения проверки. 

Итоги стали известны 11 марта. Как сообщил корреспонденту «Сибирского энергетика» Западно-Байкальский межрайонный прокурор Алексей Калинин, нарушений в работе Иркутской ГЭС обнаружено не было. Энергетики, которые ей управляют, строго выполняли предписания межведомственной рабочей подгруппы по установлению безопасных режимов наполнения и сработки Саяно-Шушенского водохранилища и обеспечению оптимальных режимов работы водохранилищ Ангаро-Енисейского каскада гидроэлектростанций для нужд гидроэнергетики Федерального агентства водных ресурсов. По данным прокуратуры, сбросные расходы в январе–мае 2014 года были выше, чем в 2013 году, и превышали средние попуски за предыдущие 13 лет, однако их устанавливали с учётом гидрологической обстановки: зимой уровень Байкала был высок, апрельский паводок начался раньше и был мощнее обычного, май практически целиком был полноводным. Воды в озере при этом было больше, чем когда-либо с начала XXI века. В конце апреля отметка составляла 456,13 м ТО, тогда как максимум для последних 15 лет, достигнутый перед началом наполнения озера весной 2013 года, составляет 456,04 м ТО. Ситуация изменилась только в конце мая, когда паводок неожиданно сменился маловодьем. 

«Мы прекрасно понимаем, что рекомендации Росводоресурсов принимаются в соответствии с заявками «Иркутскэнерго» и других водопользователей», – подчеркнул Калинин. В число последних входят пароходства, чьи суда курсируют ниже Иркутской ГЭС по течению Ангары. Для того чтобы обеспечить навигацию и северный завоз, летом и в начале осени сбросные расходы станции не могут быть установлении ниже 1500 кубометров в секунду. На этом уровне их держали со второй декады июня и, не дожидаясь окончания судоходства, начали постепенно понижать во второй декаде сентября. 

С учётом того, что маловодье приняло угрожающий характер (средний приток в Байкал в 2014 году составил 1268 кубометров в секунду, меньше было только в 1903 году, задолго до строительства Иркутской ГЭС), к 12 марта 2015 года уровень воды в озере опустился до 455,95 м ТО. Такие данные приводит Енисейское бассейновое водное управление Росводоресурсов. По имеющимся прогнозам, к началу активного таяния снега и наполнения Байкала этот уровень достигнет 455,80–455,85 м ТО. После наполнения водохранилища Иркутской ГЭС, когда средний многолетний уровень озера поднялся до 456,42 м ТО, он 22 раза опускался ниже отметки в 456 м ТО. Минимум – 455,27 м ТО – был достигнут в 1982 году.