Суммарный водный сток пяти крупнейших рек бассейна Байкала увеличился в 2012 году на 34%: сток рек Селенги и Турки возрос на 52%, Верхней Ангары – на 16%. Сток реки Баргузина по сравнению с предыдущим годом существенно не изменился, а сток Тыи уменьшился на 23%. Суммарный сток пяти крупнейших рек бассейна Байкала в 2012 году составил 43,09 куб. км (2011 г. – 32,18 куб. км): Селенги – 26,3 куб. км, Баргузина – 3,42 куб. км, Турки – 1,43 куб. км, Верхней Ангары – 10,8 куб. км, Тыи – 1,14 куб. км. Изменения стока в течение последних лет не выходят за пределы средних многолетних колебаний, сообщается в государственном докладе Министерства природных ресурсов и экологии России по состоянию Байкала в 2012 году. 

В прошлом году в 49 контролируемых реках, впадающих в Байкал,  было отобрано 487 проб воды (в 2011 году – 454 пробы). Случаи превышения предельно допустимой концентрации вредных веществ регистрировались по 13 (в 2011 году – 12) ингредиентам химического состава воды из 17 определяемых. По сравнению с предыдущим годом значительных изменений по среднегодовым концентрациям определяемых ингредиентов не произошло. Увеличились максимальные концентрации взвешенных веществ, сульфатов, меди, цинка, никеля и нефтепродуктов. Снизились максимальные концентрации трудноокисляемых органических веществ, аммонийного азота, нитритного азота, алюминия, марганца, фторидов.

Загрязнённость вод бассейна озера соединениями железа общего, меди, цинка и марганца определялась как характерная. Наблюдалась устойчивая загрязнённость трудноокисляемыми органическими веществами, неустойчивая – легкоокисляемыми органическими веществами, никелем, алюминием, летучими фенолами и фторидами. По содержанию сульфатов, аммонийного азота, нитритного азота и нефтепродуктов загрязнённость определялась как единичная. Уровень загрязнённости – от низкого до среднего.

Почти пропорционально повышению водности пяти рек повысилась масса стока большинства загрязнителей, однако общее поступление загрязняющих веществ в Байкал не превысило величин, отмечавшихся в многоводные годы (например, в 2000 году и в 1997 году). Поступление загрязняющих веществ в Байкал от пяти крупнейших рек возросло по взвешенным веществам  на 71%, соединениям меди – на 62%, смолам и асфальтенам – на 45%, соединениям цинка – на 43%. Увеличение отмечается по всем нормируемым веществам, кроме нефтепродуктов, поступление которых снизилось на 21%.