Уголовное дело в отношении Сергея Панченко выделили в отдельное производство в начале апреля. Ему предъявили обвинение по части 1 статьи 286 УК РФ (превышение должностных полномочий) и в качестве меры пресечения избрали подписку о невыезде. Тогда суд счёл, что, находясь на свободе, обвиняемый не помешает следствию. Однако позже, по версии следствия, обстоятельства изменились и Сергей Панченко стал оказывать давление на свидетелей, а также нарушать условия отстранения от должности, каждый день в девять утра появляясь в собственном кабинете. На этих основаниях следователь СУ СК России по Иркутской области выступил в Кировском районном суде Иркутска с ходатайством об изменении меры пресечения на более строгую. 

Следственные органы убедили судью, что Панченко, находясь на свободе и «имея разветвлённые связи, в том числе и в криминальных кругах», может вести переговоры с третьими лицами и таким образом влиять на ход расследования. Главным доказательством ненадлежащего поведения Панченко стала диктофонная запись, сделанная в кабинете во время беседы начальника с инспектором ДПС. По версии следствия, Панченко потребовал от подчинённого не давать компрометирующих показаний и попытался запугать сотрудника. «Ты же понимаешь, что сам на себя огрёб», – процитировал следователь фразу Сергея Панченко, обращённую к инспектору ДПС и зафиксированную диктофоном. 

Однако сторона защиты настаивала на том, что следственные органы устроили «провокацию», подослав свидетеля к ничего не подозревающему Панченко. Сам обвиняемый в суде заявил, что не вызывал к себе в кабинет инспектора и до того момента даже «не знал о его существовании». «Мне сообщили, что со мной хочет поговорить подчинённый, – изложил свою версию Сергей Панченко. – До этого я не был  знаком с ним лично. Зайдя в кабинет, он начал говорить о том, что не знает, что отвечать на вопросы оперативных сотрудников, что у него в голове сумбур и что он просит у меня совета. Я узнал, что он имеет статус свидетеля, только когда в кабинет зашли сотрудники с видеокамерами и стали составлять протокол. Никакого давления я на него не оказывал». 

По мнению защиты, признаком организованной «провокации» стало сверхбыстрое, занявшее несколько минут, изготовление протоколов и их приобщение к делу, свидетельствующее о том, что все шаги следствие просчитало заранее. Однако суд не увидел в этом ничего подозрительного и пришёл к выводу, что все материалы, представленные следователем, собраны и подготовлены в соответствии с Уголовно-процессуальным кодексом и основания не доверять им отсутствуют. Опираясь на доводы следствия, суд принял решение о заключении Сергея Панченко под стражу сроком на один месяц. 

Напомним, начальника областного УГИБДД обвиняют в легализации так называемых «конструкторов» – автомобилей, ввезённых в виде агрегатов из-за рубежа в Россию и впоследствии собранных здесь в кустарных условиях. Потерпевшими по делу являются трое добросовестных покупателей подержанных автомобилей марки «Тойота», выяснивших, что купили подделку. Однако у следствия есть основания полагать, что Сергей Панченко мог быть причастен к незаконной постановке на учёт нескольких сотен таких транспортных средств.