Как отмечают в пресс-службе ОАО «РусГидро», наполнение водохранилища во время половодья значительно увеличивает шансы на достижение отметки 185 м, необходимой для запуска гидроагрегатов. Напомним, три генератора планируют ввести в строй во втором квартале 2012 года, ещё три – до конца года. Изначально предполагалось, что временные донные отверстия в плотине начнут перекрывать в феврале, а наполнение водохранилища начнётся в первой декаде марта, однако не было получено необходимое для этого разрешение. Так, в правительстве Красноярского края высказали опасения, что при снижении сбросных расходов БоГЭС существенно повысится риск образования ледовых заторов и, как следствие, подтопления ряда населённых пунктов. А Министерство культуры РФ не согласовало разрешительную документацию и не согласовывает её до сих пор из-за того, что под затопление попадают археологические памятники. Такую же позицию заняло министерство культуры Красноярского края, вдобавок власти региона обратили внимание на тот факт, что нет акта о готовности напорного фронта плотины БоГЭС. Несколько позже первый заместитель председателя правительства Иркутской области Владимир Пашков сообщил, что ФАУ «Главгосэкпертиза России» не приступило к оценке технического проекта станции, который был направлен в ведомство в декабре прошлого года. Проблема в том, что официально не определён его заказчик, хотя в 2011 году региональное правительство, формально не имея на это полномочий, было вынуждено заказать ОАО «Ленгидропроект» разработку документации. 

В то же время в «РусГидро» надеются, что необходимые разрешения будут получены в ближайшее время, так что можно будет приступить к перекрытию донных отверстий. «Начало операции по набору водохранилища в ближайшие две недели позволит захватить весеннее половодье на Ангаре», – отметили в пресс-службе компании. Если же этого не произойдёт, высока вероятность того, что наполнение начнётся только во время осенних паводков. Издание «РБК Daily», ссылаясь на «два источника, в том числе и в правительстве», сообщает, что даже при благоприятном стечении обстоятельств до конца 2012 года удастся запустить лишь три гидроагрегата, а в том случае, если власти Красноярского края не согласуют разрешительную документацию, пуск придётся переносить на 2013 год.  

Как только возникла задержка с заполнением, активизировались общественные экологические организации, выступающие за выполнение полного перечня работ в ложе водохранилища и минимизацию ущерба окружающей среде при запуске БоГЭС. В частности, Восточно-Сибирское отделение Академии проблем водохозяйственных наук направило в Красноярский филиал Главгосэкспертизы, который рассматривает актуализированный проект станции, письмо с требованием отложить запуск Богучанской ГЭС. На вопрос о том, насколько его нужно сдвинуть, заместитель директора Института географии имени 

В. Б. Сочавы СО РАН Леонид Корытный ответил: «Минимум на год, лучше на два». «Никакой острой необходимости форсировать пуск водохранилища нет, дефицита энергии нет ни у нас, ни в Красноярском крае», – высказал он свою точку зрения. Участвовавший вместе с ним в пресс-конференции заместитель председателя комитета по собственности и экономической политике Законодательного Собрания Иркутской области Валерий Лукин добавил, что можно заполнить водохранилище до отметки 185 м, однако в нашем регионе, часть территории которого уходит под воду при достижении отметки 208 м, необходимо для начала выполнить все работы, связанные с подготовкой ложа. 

В частности, речь идёт о полной лесосводке. Согласно санитарным правилам проектирования, строительства и эксплуатации водохранилищ, она обязательна для водохранилищ с коэффициентом водообмена менее шести. Богучанская ГЭС попадает в эту категорию, ведь по проекту при её запуске отношение годового стока к общему объёму водохранилища составит 1,8–1,9. Однако комиссия под руководством заместителя председателя правительства РФ Дмитрия Козака, ответственная за подготовку к пуску станции, приняла решение вырубать лес только на специальных участках по фарватеру, основанное на заключении Института водных и экологических проблем ДВО РАН. 

В то же время в федеральном бюджете было заложено около 2,2 млрд. рублей на проведение работ в ложе водохранилища на территории Иркутской области, большая часть которых предназначена для переселения людей из зоны подтопления. Однако разработчики актуализированного технического проекта указывают, что необходимая сумма составляет 9,3 млрд. рублей (с учётом затрат на подготовку проектной документации в 325 млн. рублей). По словам Лукина, Министерство регионального развития РФ готово зарезервировать эти средства в федеральном бюджете, но только в том случае, если будет положительное заключение Главгосэкспертизы на проект. В свою очередь пресс-служба губернатора и правительства Иркутской области сообщила о том, что власти региона по поручению Козака детализируют перечень мероприятий, связанных с подготовкой ложа водохранилища БоГЭС. Завершить эту работу необходимо до конца апреля, а затем на основании представленной со стороны области документации будет принято решение о финансировании отдельных видов работ в рамках укрупнённого инвестиционного проекта «Зона затопления Богучанской ГЭС».