Николай Дмитриевич в июне 1920 года был избран ректором Иркутского университета и проработал в этой должности 9 лет. Благодаря ему именно в эти годы  родился и вскоре заявил о себе медицинский вуз, ныне один из ведущих на востоке страны. 

Пожелтевшие страницы архивных документов по сей день хранят отзвуки того непростого времени. 10 января 1920 года совет университета заслушал представление от своего физико-математического факультета о «преобразовании медицинского отделения в самостоятельный факультет». Большинством голосов это представление было поддержано, и спустя всего 10 дней новый факультет стал реальностью. Первым его деканом был назначен Николай Дмитриевич Бушмакин, который  с того дня нёс на своих плечах двойную нагрузку, отвечая за весь Иркутский университет в целом и одновременно за новую его «учебно-административную единицу» – медицинский факультет. 

Ничего нет удивительного в том, что именно этот человек стоял и у истоков нынешнего Иркутского государственного медицинского университета. Он ведь был врачом по призванию. Сначала, в 1900 году, – земским, в глубинке Казанской губернии. Затем во время русско-японской войны – военврачом пограничной стражи в Маньчжурии. До нас дошёл весь его послужной список, и мы можем проследить путь этого человека к вершинам профессионального признания. Конец девятисотых годов позапрошлого века: Николай Дмитриевич Бушмакин – проректор анатомического института при Казанском университете, выпускником которого он  являлся и в стенах которого началась его научная карьера. Защитив докторскую диссертацию в 1911 году, он через год становится приват-доцентом в родном университете. Его знания и научный авторитет признаны Варшавским, затем Ростовским  университетами; наконец, накануне революционного 1917-го  он принимает кафедру анатомии Казанского университета.

Между прочим, решение о переезде в Сибирь в залитом кровью гражданской войны 1918-м не было простым. Его продиктовала «готовность принести все силы, средства и саму жизнь на пользу строительства нашей истерзанной родины». Так вместе с группой профессуры Казанского университета Николай Дмитриевич Бушмакин оказался за Уралом. Сначала в Томске, ну а вскоре в Иркутске. 

Он не только стал ректором Иркутского университета, не только отдал массу энергии медицинскому факультету, но и стал первым заведующим его кафедры нормальной анатомии. Можно только удивляться его энергии, его убеждённости в необходимости развития высшего образования в Сибири, наконец,  его принципиальности – тем качествам, что так щедро проявились в его характере. Годы, в течение которых Николай Дмитриевич Бушмакин возглавлял Иркутский университет, были не из лёгких. Ходили упорные слухи о том, что Москва решила его ликвидировать по причине «отсутствия средств». 

Один из первых выпускников медицинского факультета Иркутского университета Л.Ф. Стратиевский  вспоминал: «Зимой 1921 года медицинский факультет остался без топлива… В один из воскресных дней большинство студентов с санками и верёвками явились на воскресник к месту сбора – на третий километр Якутского тракта. Здесь погрузили дрова на санки, перевязали и двинулись сплошной цепочкой сначала по улице Якутской, потом по улице Карла Маркса до здания университета. Приняло участие в воскреснике свыше 400 студентов. Это было внушительное проявление коллективного труда и сознательности студентов…».

Организационный талант Николая Дмитриевича Бушмакина, энтузиазм профессорско-преподавательского состава, поддержка местной общественности помогли тогда отстоять Иркутский университет. В те тревожные дни на ректорском совещании Николай Дмитриевич Бушмакин предложил коллегам работать бесплатно. С ним  согласились все. В Москву ушло письмо, в котором ректор Иркутского университета писал: «Если в центре решено закрыть университет из-за отсутствия средств, я от имени всех уполномочен заявить, что нам лично хотя и тяжело, средства, конечно, нужны, но если их нет, мы как-нибудь переживём… Так думаем все мы, так мы хотим дальше работать».

В связи с этим любопытная деталь: в апреле 1923 года Иркутский государственный университет единственный из всех новых университетов в РСФСР остался на государственном снабжении.

Авторитет Николая Дмитриевича был непререкаем. В разные годы он выполнял большую общественную работу: являлся председателем бюро профессоров и преподавателей в родном для него Казанском университете; был организатором анатомического института при Иркутском университете; основал научное медицинское общество при Иркутском университете. По инициативе Николая Дмитриевича Бушмакина был основан «Иркутский медицинский журнал».    

Он был крупным учёным, проводил антропологические исследования, изучал особенности физической организации местного населения. После Иркутска ему довелось организовывать и быть первым директором Хабаровского государственного мединститута; потом, уже в Ленинграде, работать во Всесоюзном институте экспериментальной медицины имени Горького, быть заместителем директора по науке этого вуза. Но при всём при этом об иркутском периоде своей жизни Николай Дмитриевич вспоминал с большой теплотой. Незадолго до смерти он писал: «Пройдут годы, и многое изменится в быстром беге истории, но Иркутский государственный университет, как могучий памятник переживаемого нами момента, будет вечно свидетельствовать, что русский народ в период тяжёлой разрухи, голодный, раздетый, нашёл в себе силы выделить последние крохи на постройку дома науки для удовлетворения своих духовных потребностей. Нельзя не преклониться перед таким величием народного духа».