Сергей Шишкин подал иск в Черемховский городской суд 30 сентября 2009 года. Он просит аннулировать итоги голосования по трём участкам – №№ 1494, 1501, 1525 (сёла Голуметь, Лохово и Узкий Луг). Там были выявлены факты нарушения избирательного законодательства, подтверждённые облизбиркомом. После аннулирования итогов, на основании пересчёта Шишкин просит изъять мандат у соперника – единоросса Гавриила Франтенко, вернув «истинному победителю», то есть самому Шишкину. Надо отметить, что в 2008 году профессору удалось выиграть процесс с аналогичным иском в Иркутском областном суде, несколько месяцев профессор ИГУ даже законно просидел в Заксобрании. Однако Верховный суд отменил решение областного, и мандат вернулся к Гавриилу Франтенко. Шишкин в качестве неофициальной компенсации получил должность советника губернатора. Однако после смены власти в регионе этот пост был утерян, и Шишкин осенью 2009-го возобновил свои претензии к удачливому сопернику-единороссу. Тем более что как раз в это время региональная прокуратура завершила расследование уголовного дела в отношении членов комиссии по участку №1494 округа №15, подозревавшихся в фальсификации 120 подписей избирателей.

«Мы надеялись, что 11 февраля будем выходить на решение суда, – отметил Сергей Шишкин в беседе с «Конкурентом». – Однако вышло всё иначе. Я допускаю, что на судью было оказано давление». Так или иначе, но 11 февраля Галина Шершнева удовлетворила заявление представителей Черемховского городского ТИКа о собственном отводе. Причина: её дочь учится на пятом курсе юридического института Иркутского государственного университета. Сергей Шишкин же возглавляет кафедру конституционного права в этом институте, на протяжении многих лет входит в состав государственной экзаменационной комиссии, как и его жена, Наталья Шишкина, заместитель директора и преподаватель юридического института. «Таким образом, дочь председательствующего находится в отношениях власти и подчинения с Шишкиным С. И. непосредственно и (или) через супругу заявителя – Шишкину Н.Э., – сказано в заявлении представителей ответчика. – Судья при таких обстоятельствах лично, прямо или косвенно заинтересован в исходе дела, либо имеются основания говорить об иных обстоятельствах, вызывающих сомнение в его объективности и беспристрастности». «Наверное, трудно найти судью в Иркутской области, с которым я не был бы чем-то связан, – отметил Сергей Шишкин. – Это совершенно формальная уловка, чтобы искусственно затянуть рассмотрение дела». «Закон обязывает судью в подобных случаях брать отвод. Мы сделали это за неё, и она согласилась», – отметил, в свою очередь, представитель стороны ТИКа адвокат КА «Большой город» Вячеслав Плахотнюк.

Председатель Черемховского городского суда  Светлана Григорьева заявила «Конкуренту», что дело действительно уже отписано судье, однако назвать его фамилию категорически отказалась, сославшись на то, что комментарии по телефону не даёт, даже если СМИ находится в другом городе. Григорьева посоветовала «всю информацию» брать на официальном сайте Черемховского городского суда. Но там сообщения о судье по делу Сергея Шишкина не было. Зато было обращение Светланы Григорьевой к читателям с декларацией «максимума гласности» и «полной информационной открытости». Вячеслав Плахотнюк заявил, что не располагает данными о новом судье. «У меня информация от моего официального представителя в суде по этому делу, что вести процесс будет Екатерина Шапенкова», – сообщил вчера «Конкуренту» Сергей Шишкин.

Ранее профессор заявлял, что в случае назначения Шапенковой он намерен готовить отвод. Судья находится, по информации Сергея Шишкина, в родственных отношениях с мэром Черемховского района Юрием Шапенковым. Последний до перехода в госслужащие являлся директором ЗАО «Бельское», входящего в состав ОАО «Белореченское», которое возглавляет соперник Шишкина Гавриил Франтенко. Сам Шишкин утверждает, что Шапенков был активным сторонником единоросса в выборной кампании 2008 года. Впрочем, Вячеслав Плахотнюк считает, что связь между мэром Черемховского района и предвыборной кампанией Гавриила Франтенко двухгодичной давности доказать будет трудно. А это означает, что возникнут трудности с обоснованием отвода.