Он родился в Санкт-Петербурге в 1859 году. Склонность к науке привела его сначала на естественное отделение физико-математического факультета Санкт-Петербургского университета, а затем на факультет зоологии университета в Гейдельберге. Его учителя, серьёзные, известные в 19 веке учёные Николай Петрович Вагнер и Адам Отто Бючли, воспитали в способном студенте качества, без которых служение науке невозможно: энергию, безусловную порядочность, жадность до новых знаний.

В начале 90-х годов позапрошлого века Владимир Тимофеевич Шевяков под покровительством Император-ского Русского географического общества совершил вместе со своим другом С. Лаутербахом кругосветное путешествие, посетив Северную Америку, Новую Зеландию, Австралию и Зондские острова. Результатом этого вояжа стала монография о пресноводных простейших в различных местах земного шара, удостоенная престижной Брандтовской премии Российской Императорской академии наук.

Профессор зоологии Санкт-Петербургского университета, Владимир Тимофеевич в 1910 году занимал высокую должность в Министерстве народного просвещения и был одним из создателей Императорского женского педагогического института, в котором вплоть до 1917 года преподавал зоологию.

По делам службы он выехал на Урал, где и застала его гражданская война. В Петроград Владимир Тимофеевич уже не вернулся, связав оставшиеся годы с Сибирью. Был профессором Омского сельскохозяйственного института. Волею случая он, известный общественный деятель и талантливый учёный, с частями отступающей армии Колчака оказался в Иркутске.  

Революция и гражданская война многое изменили в его жизни. Многое, но не всё. Он оставался гражданином, патриотом, готовым своими знаниями и опытом служить молодой советской науке. В одном из писем старшему своему сыну Александру Владимир Тимофеевич писал: «Дорогой друг Шура! Помни, что все порядочные люди несут, так или иначе, свой крест. А живут вольготно-весело и хорошо только те, кто, собственно, и нравственного права на жизнь как человек не имеет, будучи животным в полном смысле слова, а может быть, и хуже зверя…».

В.Т. Шевяков был одним из наиболее видных специалистов по простейшим организмам. Его работы получили общее признание и вошли не только в руководства по протистологии, но и в общие учебники зоологии, снискав ему широчайшую известность на Западе. А ещё он был превосходный лектор, заслуживший уважение и любовь студенчества.

23 мая 1923 года на медицинском факультете состоялось чествование Владимира Тимофеевича по случаю 35-летия его научно-педагогической деятельности. В романовской «Летописи города Иркутска» событие это изложено следующим образом: «После поздравлений студенты подхватили В.Т. Шевякова за руки, усадили в мягкое кресло и на плечах вынесли на улицу, где бережно пересадили в пролетку».

3 августа 1927 года в газете «Власть труда» была опубликована статья американского учёного Кокерелля, в которой, в частности, говорилось: «Особенное впечатление произвели работы по зоологии профессора В.Т. Шевякова, которые должны стать гордостью населения Иркутска. Его препараты экспонатов по зоологии лучше, чем препараты, которые мы видели где-либо в Америке, его книга о радиоляриях является классической».

С 1 сентября по 1 декабря 1927 г. профессор  Шевяков был командирован представителем СССР на международный конгресс по генетике, проходивший в Берлине, а затем в Италию для работы на Неаполитанской биологической станции. Мысль о своей эмиграции он категорически отверг, сказав перед отъездом за границу одному из своих учеников: «Хочу работать только у себя на родине». Написанный им учебник по паразитологии и сейчас, в двадцать первом веке, не потерял своей актуальности.

Скончался Владимир Тимофеевич Шевяков 18 октября 1930 года. Его могила – на Ремесленно-слобод-ском кладбище в Иркутске. Он навсегда остался первым в ряду немногих отечественных протистологов, получивших мировое признание. А имя его внесено в скрижали Иркутского государственного медицинского университета.