Предприниматель был убит в ночь с 29 на 30 марта 2005 года. Его тело с двумя огнестрельными ранениями в голову найдено в гараже, где он каждый вечер ставил свою машину. Срок предварительного расследования по этому уголовному делу был продлён Генеральной прокуратурой РФ до 20 января 2008 года, однако уже в декабре оно было передано в суд.

На скамье подсудимых места заняли бывшие мэр Слюдянского района Василий Сайков, его первый заместитель Хасан Рамазанов и начальник Байкальского городского отдела внутренних дел Валерий Карабанов. Ожидалось, что уголовное дело будет передано в суд присяжных (такое желание высказывал одно время Василий Сайков). Однако на предварительном слушании, состоявшемся 27 декабря прошлого года, с согласия всех обвиняемых было принято решение об единоличном рассмотрении этого дела судьёй областного суда.

Председательствует в этом процессе судья первого квалификационного класса Владимир Кудрявцев. В уголовной коллегии Иркутского областного суда он работает более 12 лет. На его счету множество рассмотренных дел, получивших широкий общественный резонанс. Последние из вынесенных им приговоров касались наркобаронессы Оксаны Облясовой, опутавшей сетью точек по продаже героина Свердловский район Иркутска, и тулунской банды, в составе которой был милиционер-оборотень. (Материалы из зала суда «Дождёмся ли заката звезды?» и «Маски сброшены» публиковались в «Восточно-Сибирской правде». — «Конкурент»). Сторону обвинения по делу о заказном убийстве депутата Слюдянской Думы поддерживает старший прокурор отдела гособвинителей прокуратуры Иркутской области Людмила Инютина. При её участии в самом громком процессе прошлого года удалось на большие сроки (вплоть до пожизненного заключения) засадить за колючую проволоку членов братского преступного формирования, возглавляемого Михаилом Скрипником.

На первом заседании суда по делу Сайкова, Рамазанова и Карабанова было прежде всего изложено предъявленное им предварительным следствием обвинение. Экс-мэру Слюдянского района и его первому заместителю инкриминируется совершение преступления, предусмотренного ст. ст. 33 ч. 3, 105 ч. 2 п. «З» УК РФ, квалифицируемого как организация убийства по найму. Конкретным же исполнителем преступления стал, по мнению стороны обвинения, Валерий Карабанов, в ту пору начальник отделения вневедомственной охраны Слюдянского района.

Кроме убийства депутата, Карабанову вменяется ещё несколько преступлений, в том числе незаконное лишение свободы ранее неоднократно судимого Геннадия Пронина, которому удалось сбежать и добраться до милиции. Именно он и рассказал милиционерам, что похитители, собираясь его убить, упоминали о совершённом ими убийстве депутата Бабученко.

Расследованием вновь открывшихся обстоятельств занималась следственная группа прокуратуры области под руководством следователя по особо важным делам Фёдора Баранова (сегодня он возглавляет следственное подразделение Куйбышевского района Иркутска регионального управления СК при прокуратуре РФ). Уголовное дело, слушание которого началось в суде, составило более 30 томов. Потерпевшие — супруга убитого депутата Бабученко и Геннадий Пронин, а также их свидетели будут допрошены в первую очередь.